La chiesa di Santa Sofia fu fondata dal duca Gisulfo II e completata da Arechi II, genero del Re Desiderio, non appena divenne Duca di Benevento. Essa fu la più ardita e fantasiosa costruzione dell’alto Medioevo. Arechi II vi annesse una comunità di suore, anch’esse benedettine ed intitolò il tutto alla Santa Sofia, cioè alla Santa Sapienza. Questa abbazia, in seguito a donazioni e lasciti, divenne una delle più potenti dell’Italia meridionale; essa raggiunse l’apogeo nel secolo XII, non solo per la sua chiesa monumentale ma anche per il suo “scriptorium” dove si usò la scrittura beneventana divenuta famosa nel mondo. In seguito, seguendo la sorte di quasi tutti i monasteri, decadde fino ad essere abbandonata dai Benedettini nell’anno 1595.
La chiesa di Santa Sofia si presenta come un edificio di eccezionale interesse nell’ambito dell’architettura europea del primo medioevo. È di modeste dimensioni, dal diametro di soli metri 23,50. La pianta generale è originalissima e del tutto nuova per l’epoca: presenta un nucleo centrale costituito da un esagono ai cui vertici sono collocate sei grandi colonne (provenienti probabilmente dall’antico tempio di Iside), collegate tra loro con archi sui quali si sviluppa la cupola.
Intorno a questo esagono centrale troviamo un secondo anello, questo decagonale, con otto pilastri e da due colonne. La straordinaria varietà delle volte è probabilmente un richiamo alla forma delle tende usate dal popolo longobardo durante il suo lungo girovagare in Europa. La chiesa era completamente affrescata. Nelle due absidi laterali sono presenti elementi superstiti del ciclo dedicato alla Storia di Cristo. In particolare in quella di sinistra è rappresentata la storia di San Giovanni Battista, in quella di destra la storia della Vergine. Della prima rimangono due scene: l’Annuncio a Zaccaria e Zaccaria muto; della seconda l’Annunciazione e la Visitazione.
Santa Sofia ed il suo complesso monumentale sono stati riconosciuti Patrimonio Mondiale dell’Umanità dall’Unesco.